Le sale del piano nobile ospitano la pinacoteca ricca di dipinti su tavola e tela principalmente di scuola umbra, databili dal tardo Duecento all’Ottocento. Degni di nota sono il Reliquiario miniato (XIV sec.), il Crocifisso ligneo di scuola giottesca opera del Maestro della Croce di Gubbio (inizio XIV sec.), il Gonfalone (inizio XVi sec.) realizato da Sinibaldo Ibi, artista seguace del Perugino e l’Immacolata Concezione di Francesco Signorelli (1527).