Allestita nella sala della loggetta e lungo il corridoio segreto, la raccolta di ceramica spazia dalle maioliche arcaiche (XIV sec.) ai manufatti del XX sec. Di particolare rilievo è la produzione eugubina rinascimentale a lustro rosso e dorato della bottega di Mastro Giorgio Andreoli (XVI sec.). Recentemente la collezione si è arricchita di una sezione dedicata alle opere del ceramista Aldo Ajò. Numericamente significativo è il vasellame farmaceutico tra cui originali duomi d’alambicco in terracotta rossa.